在大多数的情况下，免疫组化都是用于恶性肿瘤的辅助诊断，所以已经确定是恶性肿瘤，才会做免疫组化来确定治疗的方向、肿瘤的来源以及恶性的程度。免疫组化可以在一定程度上鉴别肿瘤的良恶性；帮助鉴别肿瘤的来源；帮助鉴别肿瘤的分期，例如可以知道肿瘤细胞有没有侵犯到胸膜等；一定程度上可以指导接下来的治疗，对于一些肿瘤来说，临床上部分药物，通过免疫组化可以判断适不适合使用。