先天性巨结肠手术后遗症有以下几种：第一、黏连性肠梗阻，主要是因为患者手术中出血量比较多，冲洗不干净等原因导致的。第二、肠瘘，手术过程中医生没有缝合好，牵拉过度等原因引起的。第三、大便排出不畅，主要是因为吻合口狭窄、肛门狭窄等原因引起的。当患者出现以上的症状时，需要及时的去往医院进行就诊。另外，手术后，患者需要保持肛门处的清洁和干燥，排便后，使用温水清洁局部，在外用消毒液进行消毒处理。