刚怀孕发烧39℃由于胎儿还不是很稳定，很多药物不能使用。所以首先可以采取安全的物理方法进行降温，如温水擦拭前胸、后背、腋下、腹股沟、颈部、手心、脚心等血管丰富的部位或者在这些部位贴退热贴，帮助退热。其次要及时到医院详细检查一下，看具体是什么原因引起的发烧。如果是受凉引起的，可以在医生指导下服用小柴胡颗粒等对胎儿没有影响的中成药进行调理。如果是严重的细菌感染，需要在医生指导下使用对胎儿没有伤害的抗生素进行治疗。