做肠镜检查会有一定不适感，在肠道准备过程中部分患者会感觉到痛苦，在患者做肠镜检查前常需要口服导泻药，保持肠道清洁，可以更清晰看到病变情况。在做肠镜时，在进镜或是牵拉旋转内镜时，患者会感到肠腔内有明显异物感，还会感觉到局部酸痛或绞痛等不适症状，有些患者会有腹部胀迫感及有大便的感觉。患者可深呼吸，放松自己来改善症状，一般检测完毕后症状就会消失。