甲氨蝶呤的副作用是会出现口腔溃疡、口腔炎、慢性咽炎、慢性胃炎以及腹泻等。还会伴有头痛、背痛、呕吐、发热以及尿少等现象。严重者还会出现白细胞下降、皮肤出血、药物性肝炎、蛋白尿、氮质血症以及脱发等症状。当出现上述的症状时，应及时去医院就诊，以免导致疾病的加重。因此，在服用此药物前还应先去正规医院进行相对应的检查，并在查明病因后采取相对应的治疗。