肛瘘手术需要多长时间和病情严重程度以及医生专业程度等有关，若是病情较轻大概半小时左右就可以结束，但若病情较重就可能要一小时左右，属于小手术的一种，目前技术已经比较成熟，手术风险偏低，所以不用过于担心，在术后保持局部清洁，遵医嘱使用抗生素类药物预防感染，另外在术后要调整好饮食习惯，保持大便通畅，适当锻炼身体，对病情恢复有好处。