细菌是单细胞的原核生物，是没有细胞核的，而真菌是单细胞或者是多细胞的真核生物，具有成型的细胞；其次细菌的细胞壁主要有肽聚糖成分，而真菌细胞壁主要有几丁质成分；另外细菌不存在染色体，并且DNA分子是单独存在的，而真菌细胞核中的DNA与蛋白质相结合，从而形成染色体。真菌和细菌在临床导致疾病也是有区别的，大部分发热是由于细菌引起的，但是长时间的使用抗生素或者是糖皮质激素可能会导致真菌感染。