中医针灸理疗师证书的考试机构有很多，以下是一些常见的考试机构：

1、中国中医科学院针灸研究所：该机构是中国中医科学院下属的一个专门从事针灸理论研究和临床实践的部门，也是国家中医药管理局认证的针灸师培训和考试机构之一。

2、北京市中医医院针灸科：该科室是北京市中医医院的一个重点专科，拥有一支高水平的针灸医疗团队和技术团队，同时也负责针灸师的培训和考试工作。

3、上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院针灸科：该科室是上海市中西医结合学会定点单位之一，也是国家中医药管理局认证的针灸师培训和考试机构之一。

4、广东省中医院针灸康复科：该科室是广东省中医院的一个重点专科，拥有一支高素质的针灸医疗团队和技术团队，同时也负责针灸师的培训和考试工作。