针灸理疗师证书的颁发主要由以下几个部门和机构进行：

政府主管部门 :在中国，国家卫生健康委员会是针灸行业的主管部门，负责制定针灸行业的标准和规范，一些地方卫生部门也会有自己的针灸理疗师资格认证制度，这些部门通常会组织定期的针灸理疗师资格考试，通过考试的考生可以获得相应的资格证书。

专业协会和学会 :在中国，有一些专门的针灸理疗师协会和学会，如中国针灸学会、中华中医药学会等，这些协会和学会通常会组织相关的培训课程和考试，合格者可以获得协会或学会认可的针灸理疗师证书。

高等教育机构 :一些高等医学院校和职业技术学校也开设针灸专业的课程，学生在完成学业并通过相关考试后，可以获得学校颁发的针灸理疗师证书。

私立培训机构 :随着针灸行业的快速发展，一些私立培训机构也开始提供针灸理疗师的培训课程，这些机构通常会与上述部门和机构合作，学员在完成培训并通过考试后，可以获得相应的证书。

国际组织和外国认证机构 :对于希望在国际上从事针灸工作的针灸理疗师，可能需要获得国际认可的证书，美国针灸医学院(ACMP)就提供了全球认可的针灸理疗师证书，这些证书通常需要通过一系列严格的考试和实习才能获得。

想要获得针灸理疗师证书，需要参加相关的培训课程，通过考试，并且满足一定的工作经验要求，不同的颁发机构可能会有不同的认证标准和程序，因此在选择培训机构或者考取证书时，需要仔细研究相关的政策和规定。