心理咨询师证书的颁发主要由以下几个部门：

1、中国国家卫生健康委员会(原卫生部):中国国家卫生健康委员会是负责全国卫生和健康工作的主管部门，其下设有专门负责心理健康领域的部门，该部门会定期组织心理咨询师的培训和考试，合格者将获得心理咨询师资格证书，这是中国最权威、最具含金量的心理咨询师证书。

2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：各省、自治区、直辖市卫生健康委员会也会组织心理咨询师的培训和考试，但其颁发的证书在专业性和权威性上可能略低于国家级别的证书，在实际工作中，这些地方级别的证书仍然具有一定的认可度。

3、国际认证机构：随着全球化的发展，越来越多的国际认证机构也开始在中国提供心理咨询师的培训和考试，这些机构的证书在国际上具有较高的认可度，但在中国的认可度相对较低，需要注意的是，这些机构的证书往往需要与国内的证书相结合使用，才能在职业生涯中取得更好的发展。

4、社会组织和企事业单位：一些社会组织、企事业单位和非政府组织也会开展心理咨询师的培训和考试，颁发相应的证书，这些组织的证书在专业性和权威性上可能不如前面提到的几种证书，但在某些特定的行业或领域，这些证书仍然具有一定的竞争力。

5、个人或培训机构：除了以上正规的颁发机构外，还有一些个人或培训机构提供心理咨询师的培训和考试，这些证书的含金量参差不齐，需要考生在选择时慎重考虑。

心理咨询师证书的颁发主要由国家卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、国际认证机构、社会组织和企事业单位以及个人或培训机构等多方共同参与，考生在选择证书时，应根据自己的职业发展规划和市场需求，综合考虑各种因素，选择最适合自己的证书，不断提高自己的专业素养和实践能力，才能在心理咨询行业中取得更好的发展。