健康管理师证是在2005年10月劳动和社会保障部第四批正式发布的11个新职业之一，当时被称为卫生行业特有职业(工种)归入原卫生部进行管理。 2005年12月，劳动和社会保障部425号文件《关于同意将医疗救护员等2个新职业纳入卫生行业特有执业范围的函》将健康管理师列为卫生行业特有职业(工种)归入卫生部进行管理。

在2006年至2016年期间，市面上的健康管理师由人社部和卫计委两个部门同时颁发。 2016年12月后，人社部健康管理师不再进行鉴定考试。

真正让健康管理师新生的时间是2017年2月21日。 整个2017年，人社部和卫计委都没再进行健康管理师的鉴定工作。