运动康复师证发证机构主要分为以下几个部门：

1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):NHC是中华人民共和国国务院的组成部门，负责全国卫生和健康事业的管理和监督，NHC下设多个司局，其中包括卫生健康发展研究中心、卫生应急办公室等，这些部门在运动康复领域的工作主要集中在政策制定、标准制定、技术推广等方面，对运动康复师的培训和考核也有一定的参与。

2、中国康复医学会(China Rehabilitation Medicine Association,简称CRM):中国康复医学会是一个全国性的专业学术组织，旨在推动康复医学的发展和交流，CRM下设多个专业委员会，包括运动康复专业委员会等，运动康复专业委员会的主要职责是制定运动康复领域的学术标准、开展学术活动、组织专家评审等工作，中国康复医学会也是运动康复师证发证的重要机构之一。

3、各省、市、县级卫生健康委员会：各级卫生健康委员会在地方层面负责本行政区域内的卫生和健康管理工作，在运动康复领域，各地卫生健康委员会通常会与当地的职业学院、技工学校等教育机构合作，开展运动康复师的培训和考核工作，各地卫生健康委员会还会根据实际需要，组织开展运动康复相关的宣传、推广等活动。

4、职业培训机构：随着人们对健康的重视程度不断提高，越来越多的人开始关注运动康复领域的需求，为此，职业培训机构在运动康复师培训市场中扮演了重要角色，这些机构通常会与相关政府部门、行业协会等合作，共同制定培训课程、考试标准等，为学员提供专业的运动康复师培训服务。

5、企事业单位：一些大型企事业单位为了提高员工的健康水平和工作效率，也会设立专门的运动康复室或者聘请专业的运动康复师进行员工健康管理，这些企事业单位通常会在招聘运动康复师时，要求具备相应的证书和资质，企事业单位也是运动康复师证发证的重要需求方。

运动康复师证发证机构主要包括国家卫生健康委员会、中国康复医学会、各省、市、县级卫生健康委员会、职业培训机构以及企事业单位等，这些机构在运动康复领域的工作涉及政策制定、教育培训、考核评价等多个方面，共同推动运动康复事业的发展。